На Кипр был назначен турецкий губернатор и образованы 4 провинции с отдельным столичным округом Никосия. Армия Мустафы Паши покинула Кипр. Остался небольшой гарнизон из 1000 янычар и 2500 «спаги», в дальнейшем, эти силы ещё более сократились.

Новые власти учредили пост Драгомана, официального переводчика турецкого губернатора Кипра. Драгоманы вели канцелярию губернатора и были весьма влиятельны. В спорных случаях, они обладали правом обращаться к Султану. Архиепископ Кипрской Православной церкви получил от Султана титул "Этнарха" и считался главой греческого населения острова.

Турецкие власти уничтожили на Кипре крепостное право. Земля была роздана крестьянам и выданы документы на её владение всем тем, кто их не имел. Крупные земельные владения феодалов были уничтожены. Жители деревни Лефкара, уцелевшие после резни венецианцев, получили налоговые льготы. Греческому населению было разрешено покупать и продавать землю, цена на которую была фиксированой для предотвращения спекуляции.

Собственность католической церкви была конфискована, монастыри переданы Кипрской православной церкви, а католические соборы превращены в мечети.

По закону от 7 мая 1572 г. греческому населению была гарантирована судебная защита от произвола местной администрации.

Правительство Султана начало программу переселения на остров мусульманского населения из Анатолии. Прежде всего, были оставлены жить на Кипре солдаты армии Мустафы Паши, получившие ранения во время войны. Всего за первые два года на Кипр переселились 8 000 турецких семей. Переселенцам передавали земли, принадлежавшие католической церкви и сенату Венеции.

Все эти разумные административные распоряжения были ослаблены одной ошибкой. На Кипре зарплата чинов турецкой администрации прямо зависела от сбора местных налогов. Это привело к многочисленным случаям произвола местных чиновников. Как отмечали позже англичане, если бы эта ошибка была своевременно устранена, Кипр под Оттоманским управлением, являлся бы образцом по организации администрации завоёванной страны.

Надо отметить, что в результате военных действий, как и предсказывал Великий визирь, население Кипра сильно уменьшилось. Остров полностью покинуло итальянское и французское население. В результате этого, а также потерь населения от обстрелов и болезней во время осады Никосии и Фамагусты, число жителей Кипра сократилось на 60% от довоенного уровня.

Сильно пострадала экономика острова. Если венецианцы получали от Кипра годовой доход в миллион дукатов, то Оттоманской казне остров приносил убыток в 70 000 дукатов каждый год. К 1841г. население Кипра составляло 110 000 человек, из которых 75 000 были греками, 33 000 турками, 1500 маронитами, а остальные, армянами и евреями.
Вскоре после захвата Кипра Оттоманской империей, права на остров предъявил герцог Шарль Савойский - наследник изгнанной королевы Шарлотты. Герцог предложил Султану передать ему Кипр под управление на правах вассала. Это предложение правительство Оттоманской империи вежливо отклонило.

К герцогу Савойскому стали обращаться многочисленные авантюристы с проектами по организации на остров военных экспедиций. Все они якобы, представляли тайные греческие повстанческие организации на Кипре. Получив из казны герцога деньги на покупку оружия, эти ""вожди греческих повстанцев" бесследно исчезали.